La situación de la catedral no fue distinta a la de las demás estructuras de Lima. "Las dos torres de la catedral se derrumbaron, destruyendo buena parte de la nave" (La clase alta y sus altos: la arquitectura y las secuelas del terremoto de Lima de 1746). Esto la dejó inutilizada, por lo que en esa época se utilizó la plaza mayor para realizar algunas ceremonias y actos religiosos, como procesiones y rogativas, mientras se reconstruía la catedral. La reconstrucción de la catedral permitía al virrey mostrarse ufano y de alguna manera superior ante el poder eclesiástico, que tanta oposición había mostrado ante el regalismo del virrey. Eso quedaría en evidencia en la portada del perdón de la catedral, en donde las armas reales mostrarían "claramente de quién es la fundación y patronato de la iglesia" (Pericles en Lima: el virrey Manso de Velasco, el terremoto y su imagen pública).

Después del terremoto de 1746, en un acto de apuro, se hicieron reconstrucciones ligeras y baratas en las bóvedas de las tres naves abiertas. "La armadura de las bóvedas catedralicias limeñas posteriores a 1746 no era más que un simple telar de cañas y yeso que rellenaba todos los espacios entre las nervaduras y cerchas de roble, no de cedro; sobre este telar sencillo colocarían la clásica torta de barro" (García Irigoyen 1898)

Aunque las bóvedas de cedro y yeso construidas después del terremoto de 1687 también tuvieron corta duración, no se derrumbaron por el desgaste de los materiales, sino por el terremoto de 1746. Diferente fue el caso de las bóvedas reconstruidas luego de este mismo, ya que los materiales de menor calidad empleados, como "las cañas débiles y sin ninguna resistencia" (Garcia Irigoyen 1898), se deterioraron rápidamente al punto de que se caían por sí solas con grave peligro para las personas que ingresaban a la catedral.